Die gefährlichen Keime rasch nachzuweisen, ist im Falle einer Infektion von unmittelbarem Nutzen für den betroffenen Patienten: Er kann frühzeitig und gezielt behandelt werden. Um die Ausbreitung resistenter Keime durch effiziente Hygienemaßnahmen zu reduzieren, ist außerdem die schnelle Identifizierung asymptomatischer MRSA-Träger von großem Vorteil.

Für den Nachweis multiresistenter Staphylokokken sind verschiedene mikrobiologische Kulturmethoden verfügbar. Als diagnostischer Goldstandard gilt die Anzucht der Bakterien auf Nährböden und eine anschließende Erregeridentifikation und Resistenzbestimmung durch biochemische Verfahren. Dieses Verfahren ist sehr zuverlässig, hat jedoch den Nachteil, dass bis zu 72 Stunden vergehen können, ehe ein Ergebnis vorliegt. Schnellere Kulturverfahren auf so genannten „Chromogenen Kulturmedien“ ermöglichen Anzucht und MRSA-Nachweis in einem Schritt und zeigen immerhin nach 24 Stunden ein Ergebnis an. Allerdings ist die Sensitivität, also die Nachweissicherheit dieser Verfahren, deutlich niedriger.

Moderne molekulare Methoden arbeiten viel schneller. Die derzeit schnellste Methode für den MRSA-Nachweis ist die „Real Time-PCR“. Dabei wird ein molekularbiologisches Verfahren, die „Polymerasekettenreaktion“ (PCR) zur Vervielfältigung von DNA, genutzt, um gezielt diejenigen Gene aufzuspüren, die den Bakterien zur Resistenz verhelfen. Mit der PCR ist ein Ergebnis bereits zwei Stunden nach dem Abstrich zu erhalten.